ביציאה ממגרש החניה לכיוון הפאר ישנו עמוד חשמל עליו יש סמ"ש ירוק שמכוון ימינה – זהו הסימון שמכוון לתחילת מסלול נחל חלילים.

המסלול כולו מסומ"ש ירוק.

לאחר כמה מטרים נראה מערת קבורה בגדת הנחל השמאלית, היא חלק מהישוב "המוצא" שמוזכר בספר יהושע כעיר בגבול שבט נחלת בנימין. אם ניכנס למערה נגלה שהיא כפולה. בחדר הפנימי ישנם שלשה כוכי קבורה.

מכאן ולאורך כל המסלול נראה משני צידיו של  נחל חלילים מדרגות סלע (טראסות), שנוצרו ע"ג המדרונות העשויים גיר ודולומיט (תצורת שורק) ע"י החקלאים שחיו כאן בתקופות שונות.

לפתע הופך הנחל עמוק ובשני צידיו מערות קראסטיות, אלו מערות חלילים.

מערות אלו נוצרו בחלחול המים בסלע הדולומיט (תצורת כסלון), ניכנס למערות שבגדה הימנית ונשוטט בהן מעט, הם לא עמוקות מידי, ברובן אין צורך בפנס.