אגם החולה, הוא חלק ממערכת השבר הסורי אפריקני, בקטע הצפוני שלו, בין רמת הגולן להרי נפתלי, ועל הירדן בזרימתו בין מוצאו לים הכנרת. האגם נוצר בשל היות פקק הבזלת החוסם את זרימת המים וניקוז חלק זה של הבקעה.
בגמרא (בבלי מסכת בבא בתרא דף עד) מכונה אגם זה "ים סיבכי": "ירדן יוצא ממערת פמייס, ומהלך בימה של סיבכי ובימה של טבריא, ומתגלגל ויורד לים הגדול, ומתגלגל ויורד עד שמגיע לפיו של לויתן... א"ר יוחנן: מאי דכתיב (תהלים פרק כד) "כי הוא על ימים יסדה ועל נהרות יכוננה", אלו שבעה ימים וארבעה נהרות שמקיפין את ארץ ישראל, ואלו הן: שבעה ימים, ימה של טבריא, וימה של סדום, וימה של חילת, וימה של חילתא, וימה של סיבכי, וים אספמיא וים הגדול".
יוסף בן מתתיהו מכנה אותו בשם יאור סמך, וקטע הירדן היוצא ממנו בשם הירדן הקטן, כנראה להבדיל בינו לבין הירדן הגדול שהוא הקטע היוצא מן הכנרת וזורם לים המלח.
אגם זה היה חלק ממערכת שלמה של מים וביצות, והוא התאפיין בעושר צמחיה ובעלי חיים, אך גם בחיידקים הנושאים מחלות רבות.
בימי ראשית המדינה סברו כי ניתן לנצל את שטחו לחלקלאות, ולכן הוחלט לייבשו ע"י ניקוז המים אל הכינרת.
בין השנים תשי"א-תשי"ח התקיים הפרויקט העצום לניקוז מימי החולה. נכרו תעלות רבות ולבסוף הוסר הפקק והמים זרמו בגאון אל הירדן.
מבצע זה שזכה להד ציבורי ולהתנגדות רחבה, הותיר אחריו קטע קטן שנקרא "שמורת החולה" ובו המשיכו המים להיאסף כבתחילה אולם בעקבות שחרור המים לכנרת המים כבר לא נשמרו במקום ולצורך עצירתם מעבור ישירות לכנרת נבנו סוללות עפר. בסוף שנת 1964 אושר חוק שמורות הטבע ושמורת החולה הפכה להיות השמורה הראשונה.
כמה עשרות שנים לאחר מכן, לאחר שנוכחו הרשויות ששטח השמורה אינו מספיק לשימור כל ערכי הטבע שהיו במוקם וכי האדמות שיובשו לא היו פוריות כפי שחשבו בתחילה הוצפו שטחים נוספים בעמק החולה ועליהם הוקם אגמון החולה.
