גזר מוזכרת בתנ"ך, תחילה כעיר כנענית. במסגרת מלחמת יהושע במלכי הדרום, מיד אחרי הברית עם הגבעונים והעמדת השמש והירח באמצע היום. פנה יהושע דרומה למקדה, לבנה, לכיש,עגלון, חברון, דביר ושאר ערי הדרום: "אָז עָלָה הֹרָם מֶלֶךְ גֶּזֶר לַעְזֹר אֶת לָכִישׁ; וַיַּכֵּהוּ יְהוֹשֻׁעַ וְאֶת עַמּוֹ, עַד בִּלְתִּי הִשְׁאִיר לוֹ שָׂרִיד" (יהושע פרק י), אי לכך נמצאת גזר ברשימת ל"א המלכים שהכה יהושע (שם פרק יב).
בהמשך (שם פרק טז) מוזכרת גזר כגבול הדרום-מערבי שבין נחלת שבטי אפרים ודן, אך מצויין שבגזר עצמה לא התיישבו בני ישראל: "וְלֹא הוֹרִישׁוּ אֶת הַכְּנַעֲנִי הַיּוֹשֵׁב בְּגָזֶר, וַיֵּשֶׁב הַכְּנַעֲנִי בְּקֶרֶב אֶפְרַיִם עַד הַיּוֹם הַזֶּה, וַיְהִי לְמַס עֹבֵד". מצב בעייתי זה נמשך אף אחרי מות יהושע (שופטים פרק א)
עם חלוקת הנחלות ניתנה גזר וסביבתה לבני קהת והייתה לעיר לווים (שם פרק כא, או לכהנים דרברי הימים א) בתוך נחלת בני אפרים.
אך בתחילת ימי מלכות דוד המלך ניטש בסביבתה מלחמה עם הפלישתים: "וַיַּךְ אֶת פְּלִשְׁתִּים, מִגֶּבַע עַד בֹּאֲךָ גָזֶר", ואין הכרח לומר שהם גרו בה. אלא שהמלחמה שהחלה בעמק רפאים הגיעה עד אליה. מלחמה נוספת התרחשה בסוף ימי מלכותו: "וַיְהִי אַחֲרֵי כֵן, וַתַּעֲמֹד מִלְחָמָה בְּגֶזֶר עִם פְּלִשְׁתִּים, אָז הִכָּה סִבְּכַי הַחֻשָׁתִי אֶת סִפַּי מִילִידֵי הָרְפָאִים, וַיִּכָּנֵעוּ" (דברי הימים א פרק כ. מלחמה זו מוזכרת גם בשמואל ב פרק כא, אולם ללא ציון שם העיר גזר).
כשבנה שלמה המלך את בית המקדש, כבש פרעה מלך מצרים את גזר ונתנה לו כמתנה לבתו אשת שלמה: "וְזֶה דְבַר הַמַּס אֲשֶׁר הֶעֱלָה הַמֶּלֶךְ שְׁלֹמֹה לִבְנוֹת אֶת בֵּית ה' וְאֶת בֵּיתוֹ וְאֶת הַמִּלּוֹא וְאֵת חוֹמַת יְרוּשָׁלִָם, וְאֶת חָצֹר וְאֶת מְגִדּוֹ וְאֶת גָּזֶר. פַּרְעֹה מֶלֶךְ מִצְרַיִם עָלָה וַיִּלְכֹּד אֶת גֶּזֶר וַיִּשְׂרְפָהּ בָּאֵשׁ, וְאֶת הַכְּנַעֲנִי הַיֹּשֵׁב בָּעִיר הָרָג, וַיִּתְּנָהּ שִׁלֻּחִים לְבִתּוֹ אֵשֶׁת שְׁלֹמֹה. וַיִּבֶן שְׁלֹמֹה אֶת גָּזֶר וְאֶת בֵּית חֹרֹן תַּחְתּוֹן. וְאֶת בַּעֲלָת וְאֶת תַּדְמֹר בַּמִּדְבָּר, בָּאָרֶץ. וְאֵת כָּל עָרֵי הַמִּסְכְּנוֹת אֲשֶׁר הָיוּ לִשְׁלֹמֹה, וְאֵת עָרֵי הָרֶכֶב וְאֵת עָרֵי הַפָּרָשִׁים, וְאֵת חֵשֶׁק שְׁלֹמֹה אֲשֶׁר חָשַׁק לִבְנוֹת בִּירוּשָׁלִַם וּבַלְּבָנוֹן, וּבְכֹל אֶרֶץ מֶמְשַׁלְתּוֹ. כָּל הָעָם הַנּוֹתָר מִן הָאֱמֹרִי הַחִתִּי הַפְּרִזִּי הַחִוִּי וְהַיְבוּסִי, אֲשֶׁר לֹא מִבְּנֵי יִשְׂרָאֵל הֵמָּה. בְּנֵיהֶם אֲשֶׁר נֹתְרוּ אַחֲרֵיהֶם בָּאָרֶץ, אֲשֶׁר לֹא יָכְלוּ בְּנֵי יִשְׂרָאֵל לְהַחֲרִימָם, וַיַּעֲלֵם שְׁלֹמֹה לְמַס עֹבֵד, עַד הַיּוֹם הַזֶּה" (מלכים א פרק יא).
הזיקה שבין גזר למגידו וחצור, ניכרת היטב בממצאים שנתגלו בחפירות שנערכו בשלשה ערים אלו. עיקר הממצאים הם אכן מהתקופה הכנענית ומתקופת המלוכה, אם כי האתר היה מיושב גם בתקופות אחרות.
גזר מופיע בכתובת שישק בה רשומים שמות הערים שכבש המלך המצרי (ראה להלן). כמו כן מוזכרת גזר בכתבליט של תגלת-פלאסר מלך אשור.
בספר מקבים מוזכרת גזר כמי שבוצרה ע"י הכובש היוני בקחידס, וכמי שנכבשה ע"י שמעון החשמונאי.
הראשון שזיהה את האתר היא הארכיאולוג הצרפתי קלרמון גנו בשנת תרל"א, אך החפירות בוצעו ע"י ארכיאולוג בריטי בשם מקאליסטר משנת תרס"ב ואילך, וחודשו בשנת תשכ"ד ואילך. הזיהוי נעשה ע"י כתובות תחום גזר שיתוארו להלן.
הממצאים העיקרים שנתגלו בגזר הם, הביצורים הכנעניים, מפעל המים, שער מימי שלמה, המצבות, כתובת גזר וכתובות תחום גזר.
הביצורים הכנעניים מלמדים שהעיר הוקפה אז בסוללת עפר כשבצידה הדרומי נבנה שער בגובה של למעלה מ 7 מטר עשוי לבני בוץ המונחים על בסיס אבן, וממערב לו מגדל שמירה רחב ממדים (20X16 מטר).
מפעל המים הסמוך לשער הכנעני, נועד לאפשר שאיבת מים בתוך חומות העיר, גם בעת מצור. המפעל מורכב מחפיר שהוביל למנהרה עמוקה המגיעה אל מפלס מי התהום, ומיתרת את הצורך לצאת אל המעיינות שסביב העיר, כמו עין ורד. עומק המנהרה הוא 45 מטר ועמוקה כמעט 30, אך היא חסומה כיום בגלל מפולות עפר שנקרו בה.
השער מימי שלמה ניכר היטב במבנהו בעל שלשת החדרים הכפולים. שערים דומים נתגלו גם במגידו ובחצור, ואף במבצר האלה (מצודת קאייפה). תעלת המים שחוצה אותה לאורכה, הובילה את מי השופכין אל מחוץ לעיר מתחת לאבן הסף של השער.
גם כאן ניכרים היטב שרידי הביצור שהגנו על העיר. על השער נמצאו שרידי שריפה עזה, אולי הם נוצרו במסע הכיבושים של שישק מלך מצרים לארץ ישראל בימי המלכים רחבעם וירבעם, מסע שהדיון אודותיו נמצא כאן.
גזר מוזכרת גם במכתבי "אל עמראנה", אולו קבוצה של כמה מאות מכתבים כתובים ע"ג חרסים שנמצאו בארכיון אל-עמראנה שהייתה בירת מצרים כאלף ארבע מאות שנה לפני הספירה, תחת שלטונו של פרעה אנאחתון. הם נכתבו באכדית בידי שליטי ערי הממלכה הכנענית אל המלך המצרי שתחתיו חסו.
בין השאר נמצאו כעשרה מכתבים, שנכתבו בידי שלושה שליטים שונים, ושברובם שליט גזר מתלונן על שכניו המציקים לו ומבקש את עזרתו של מלך מצרים, ואף מצהיר חזור והצהר על נאמנותו. לדוגמה, יפע מושל גזר כותב: "למלך אדוני, אלוהי ושמשי, השמש מן השמים, דבר יפע מושל גזר, עבדך, העפר לרגליך, הסייס של סוסיך, לרגלך המלך אדוני, אלוהי, שמשי, השמש מן השמים, שבע פעמים ושבע פעמים נפלתי על הבטן ועל הגב! [...] וידע נא המלך אדוני, אלוהי, כי אפס האוכל מארצי ואכן מאומה אין לי. ישלח נא את צבאו הסדיר שהוא יחזיר אותי לערי ואני אשרֵת את המלך אדוני בדיוק כמו אבי וכמו עמיתי [...]". איזכור נוסף של גזר נמצא במצבת מרנפתח מלך מצרים שזמנה 1207 לפסה"נ. המצבה מספרת על נצחונותיו של מרנפתח (בנו של רעמסס השני) נגד אויביו. בין השאר הוא מציין את כיבושיו בכנען רבתי ומדגיש את האתרים הבאים:
...נבוזה כנען בכל רע, לוקחה אשקלון, נתפשה גזר, ינועם היתה כלא היתה, ישראל הושם אין לא זרע...
המרתק בתעודה זו היא העובדה שבאמצע המאה ה 13 לפני הספירה, כבר מוזכר השם "ישראל" ביחס לארץ ישראל.
בתקופה המוסלמית המאחרת התמקם הכפר אבו שושה על צלע התל, והמעיינות שממזרח לו (נותר מהם כיום רק עין ורד) שימשו לאספקת מים לעיר רמלה.
המצבות הן עשרה עמודי אבן בגדלים שונים (אך רק שבעה עומדים), ובמרכזם אגן גדול. ישנה השערה כי המקום שימש לכריתת בריתות בין מדינות שונות או אולי לטקסים אחרים, וכי המצבות סימלו ערים מסוימות, כל אחת על פי גדלה. אולם הדבר אינו ודאי. יש לשים לב לעובדה שהמקום אינו שוכן בראש התל אלא באוכף נמוך ממנו.
כתובת גזר שנמצאה בחפירות, נמצאת כיום (אינה מוצגת לקהל הרחב) במוזיאון שבאיסטנבול טורקיה. הכתובת שגודלה 7X11 ס"מ בת שבע שורות וכה נכתב בהן:
ירחו אספ ירחו ז
רע ירחו לקש
ירח עצד פשת
ירח קצר שערמ
ירח קצר וכל
ירחו זמר
ירחו קצ
עוד נכתב בצד "אבי"
הפירוש המקובל לכתובת זו הוא:
שני חודשי אסיף
שני חודשי זריעה
שני חודשי זריעה מאוחרת
חודש קטיף הפשתה
חודש קציר שעורים
חודש קציר התבואה ומדידתה
שני חודשי בציר
חודש קיץ
דגם מוגדל של הכתובת מוצג בכניסה לתל.
כתובות תחום גזר, הן שתים עשרה כתובות חרותות על סלעים, שנמצאו במרחק של עד 2,150 מטר מהתל. בכולן (למעט אחת) כתוב "תחום גזר", מסומן קו רציף, וכתוב אלקיוס/אלכיסא/ארכילאוס. מה שמתפרש כגבול העיר גזר ותחילת שטחו של אנשים יווניים הנושאים את אחד מהשמות הללו. או אולי לענין חיוב תרומות ומעשרות. יש לשים לב שהמילים "תחום גזר" נקראות כשפני הקורא אל העיר, והשמות היווניים כשפני הקורא מהעיר והלאה.
חלק מהכתובות נעלם, חלקן נלקחו וחלקן עדין באתר, ניתן ללמוד זאת מכאן.
קבר השייח אל ג'אזרי, המשמר את שם העיר גזר, נבנה לפני כארבע מאות שנה, ושימש את תושבי הכפר אבו שושה עד שנחרב עם קום המדינה.