מגידו יושבת על פתח מעבר נחל עירון הפונה לעמק יזרעאל. בקעת מגידו היא מרכזו של עמק ישרעאל.

דרך מעבר זה עברה הזרוע המזרחית של דרך הים (ויה-מאריס) בדרכה לסוריה ולבנון. מגידו הייתה עמדת שליטה חיונית על מעבר זה, בדומה לשכנתה יקנעם שחלשה על הזרוע המערבית.

מגידו מוזכרת בכיבושי יהושע בן נון כעיר כנענית (יהושע פרק יב): "מֶלֶךְ תַּעְנַךְ אֶחָד, מֶלֶךְ מְגִדּוֹ אֶחָד. מֶלֶךְ קֶדֶש אֶחָד, מֶלֶךְ יָקְנְעָם לַכַּרְמֶל אֶחָד". מגידו סמוכה לקדש והיא בין תענך ליקנעם. היא נפלה לנחלת שבט מנשה, אך הוא לא הורישה (שופטים פרק א) והכנענים המשיכו להתגורר בה.

מלחמת ברק ודבורה נגד סיסרא שר צבא יבין מלך חצור (אם הממלכות הכנעניות בצפון הארץ) התנהלה בקישון. הכתוב (שופטים פרק ד') מספר שהמלחמה התנהלה בין קדש להר תבור: "וַתָּקָם דְּבוֹרָה וַתֵּלֶךְ עִם בָּרָק, קֶדְשָׁה. וַיַּזְעֵק בָּרָק אֶת זְבוּלֻן וְאֶת נַפְתָּלִי קֶדְשָׁה, וַיַּעַל בְּרַגְלָיו עֲשֶׂרֶת אַלְפֵי אִישׁ, וַתַּעַל עִמּוֹ דְּבוֹרָה. וְחֶבֶר הַקֵּינִי נִפְרָד מִקַּיִן, מִבְּנֵי חֹבָב חֹתֵן מֹשֶׁה, וַיֵּט אָהֳלוֹ עַד אֵילוֹן בְּצַעֲנַנִּים אֲשֶׁר אֶת קֶדֶשׁ. וַיַּגִּדוּ לְסִיסְרָא כִּי עָלָה בָּרָק בֶּן אֲבִינֹעַם הַר תָּבוֹר. וַיַּזְעֵק סִיסְרָא אֶת כָּל רִכְבּוֹ תְּשַׁע מֵאוֹת רֶכֶב בַּרְזֶל, וְאֶת כָּל הָעָם אֲשֶׁר אִתּוֹ מֵחֲרֹשֶׁת הַגּוֹיִם אֶל נַחַל קִישׁוֹן".

אחרי תבוסתו ברח סיסרא אל אוהל יעל אשת חבר הקיני: "וְסִיסְרָא נָס בְּרַגְלָיו אֶל אֹהֶל יָעֵל אֵשֶׁת חֶבֶר הַקֵּינִי, כִּי שָׁלוֹם בֵּין יָבִין מֶלֶךְ חָצוֹר וּבֵין בֵּית חֶבֶר הַקֵּינִי". בשירת דבורה (שם פרק ה') מוזכרת גם מגידו כמקום ההתרחשות: "בָּאוּ מְלָכִים נִלְחָמוּ, אָז נִלְחֲמוּ מַלְכֵי כְנַעַן, בְּתַעְנַךְ עַל מֵי מְגִדּוֹ, בֶּצַע כֶּסֶף לֹא לָקָחוּ".

פרופ' אדם זרטל שחפר באל-אחווט הסמוכה לישוב קציר שבגבעות נחל עירון וזיהה בו את "חרושת הגויים", מזהה את קדש של יעל בתל-קדש שנמצא כשני ק"מ מצפון מזרח לצומת מגידו (מול המושב גבעת עוז).

גם תחותמס השלישי מלך מצרים מציין בזכרונותיו שהגיע "לדרומה של מגידו, אל שפת נחל קינה".

בהקשר לכך מעניין לציין נחל נוסף בשם נחל-קינה שנמצא ליד ערד, אף הוא קשור לבני יתרו הקיני (שופטים פרק א): "וּבְנֵי קֵינִי חֹתֵן מֹשֶׁה, עָלוּ מֵעִיר הַתְּמָרִים אֶת בְּנֵי יְהוּדָה מִדְבַּר יְהוּדָה אֲשֶׁר בְּנֶגֶב עֲרָד, וַיֵּלֶךְ וַיֵּשֶׁב אֶת הָעָם".

שלמה המלך ביצר את מגידו הסמוכה ובנה בה אורוות סוסים (מלכים א' פרק ט'): "וְזֶה דְבַר הַמַּס אֲשֶׁר הֶעֱלָה הַמֶּלֶךְ שְׁלֹמֹה, לִבְנוֹת אֶת בֵּית ה' וְאֶת בֵּיתוֹ וְאֶת הַמִּלּוֹא, וְאֵת חוֹמַת יְרוּשָׁלִָם, וְאֶת חָצֹר וְאֶת מְגִדּוֹ, וְאֶת גָּזֶר. פַּרְעֹה מֶלֶךְ מִצְרַיִם עָלָה, וַיִּלְכֹּד אֶת גֶּזֶר וַיִּשְׂרְפָהּ בָּאֵשׁ, וְאֶת הַכְּנַעֲנִי הַיֹּשֵׁב בָּעִיר הָרָג, וַיִּתְּנָהּ שִׁלֻּחִים לְבִתּוֹ אֵשֶׁת שְׁלֹמֹה. וַיִּבֶן שְׁלֹמֹה אֶת גָּזֶר, וְאֶת בֵּית חֹרֹן תַּחְתּוֹן. וְאֶת בַּעֲלָת וְאֶת תַּדְמֹר בַּמִּדְבָּר, בָּאָרֶץ.וְאֵת כָּל עָרֵי הַמִּסְכְּנוֹת אֲשֶׁר הָיוּ לִשְׁלֹמֹה, וְאֵת עָרֵי הָרֶכֶב, וְאֵת עָרֵי הַפָּרָשִׁים, וְאֵת חֵשֶׁק שְׁלֹמֹה אֲשֶׁר חָשַׁק לִבְנוֹת בִּירוּשָׁלִַם וּבַלְּבָנוֹן, וּבְכֹל אֶרֶץ מֶמְשַׁלְתּוֹ".

יאשיהו המלך נלחם בפרעה נכו מלך מצרים בבקעת מגידו ונפל בקרב (דברי הימים ב פרק לה): "ואַחֲרֵי כָל זֹאת אֲשֶׁר הֵכִין יֹאשִׁיָּהוּ אֶת הַבַּיִת, עָלָה נְכוֹ מֶלֶךְ מִצְרַיִם לְהִלָּחֵם בְּכַרְכְּמִישׁ עַל פְּרָת, וַיֵּצֵא לִקְרָאתוֹ יֹאשִׁיָּהוּ. וַיִּשְׁלַח אֵלָיו מַלְאָכִים לֵאמֹר מַה לִּי וָלָךְ מֶלֶךְ יְהוּדָה, לֹא עָלֶיךָ אַתָּה הַיּוֹם כִּי אֶל-בֵּית מִלְחַמְתִּי, וֵאלֹהִים אָמַר לְבַהֲלֵנִי, חֲדַל לְךָ מֵאֱלֹהִים אֲשֶׁר עִמִּי וְאַל יַשְׁחִיתֶךָ. וְלֹא הֵסֵב יֹאשִׁיָּהוּ פָנָיו מִמֶּנּוּ, כִּי לְהִלָּחֵם בּוֹ הִתְחַפֵּשׂ, וְלֹא שָׁמַע אֶל דִּבְרֵי נְכוֹ מִפִּי אֱלֹהִים, וַיָּבֹא לְהִלָּחֵם בְּבִקְעַת מְגִדּוֹ. וַיֹּרוּ הַיֹּרִים לַמֶּלֶךְ יֹאשִׁיָּהוּ, וַיֹּאמֶר הַמֶּלֶךְ לַעֲבָדָיו הַעֲבִירוּנִי, כִּי הָחֳלֵיתִי מְאֹד. וַיַּעֲבִירֻהוּ עֲבָדָיו מִן הַמֶּרְכָּבָה, וַיַּרְכִּיבֻהוּ עַל רֶכֶב הַמִּשְׁנֶה אֲשֶׁר לוֹ וַיּוֹלִיכֻהוּ יְרוּשָׁלִַם, וַיָּמָת וַיִּקָּבֵר בְּקִבְרוֹת אֲבֹתָיו, וְכָל יְהוּדָה וִירוּשָׁלִַם, מִתְאַבְּלִים עַל יֹאשִׁיָּה".

בתקופה הרומית היה במקום יושב בשם כפר-עותנאי והתגוררו בו יהודים וכותיים. כפר זה סימן את המעבר מהגליל ליהודה. הוא מוזכר במקורות בהקשרים אלו.

המשנה דנה בכשרותם של שטרות שעידיהם אינם יהודים (גיטין פרק א משנה ה): "כל גט שיש עליו עד כותי פסול, חוץ מגיטי נשים ושיחרורי עבדים. מעשה שהביאו לפני רבן גמליאל לכפר עותנאי גט אישה, והיו עדיו עדי כותים והכשיר". משנה אחרת (שם פרק ז משנה ז) עוסקת בשאלת קביעת כפר עותנאי בהקשרו הגיאוגרפי: "הרי זה גיטיך אם לא באתי מכאן ועד שלושים יום, והיה הולך מגליל ליהודה, והגיע לכפר עותנאי וחזר – בטל תנאו". שואלת הגמרא (בבלי דף עו): "ורמינהי אנטיפרס ביהודה וכפר עותנאי בגליל?", והיא מתרצת שאכן כפר עותנאי נחשב לגליל, אך במקרה בו מדובר היו שני תנאים שונים.

התוספתא (דמאי פרק ה הלכה כה) ממקמת את כפר עותנאי במרחב הסביבתי של הישובים שהיו באותה תקופה: "מעשר בהמה מצטרף מלא רגל רועה ולא מלא רגל בהמה מהלכת, כמה רגל בהמה? שנים ושלשים מיל. כיצד? היו לו חמש בספר חנניא וחמש בספר עותני וחמש בספר בציפורי, הרי אלו מצטרפות. חמש בספר חנניא וחמש בציפורי, עד שיהיו לו אפילו אחת בציפורי. היה לו בעבר הירדן מכאן ומכאן, כגון השולמי מנרי ושתי אבטיניות, אין מצטרפות זו עם זו, ואצ"ל בארץ וחוצה לארץ. נהר היוצא ממערת פמייס ועובר בימה של סופני ובימה של טבריא, אע"פ ששמו ירדן אין מתחשב עם הירדן. איזהו ירדן? מבית ירחו ולמטה".

ראינו במשנה לעיל שרבן גמליאל גר -או שהה- בכפר עותנאי, התוספתא (פרה פרק י הלכה ב) מספרת על תנא נוסף שגר שם: "ר"א בן שמעיה איש כפר עותני שהיה בידו לגין מלא מי חטאת, והגיף את הדלת שמפתח טמא טמא-מת תלויה בה, ובא ושאל את רבן יוחנן בן זכאי, ואמר לו: שמעיה צא והזה את מימיך".

הלגיון הששי הרומי שבה לסייע ללגיון העשירי (מחריב המקדש), שכן באיזור זה משנת 117 לספירה ועד ראשית המאה הרביעית. משוחרריו קיבלו את הנחלות הפוריות והקימו ישוב בשם "לגיו". דרכים נסללו מלגיון לציפורי בית שאן וקיסריה, חלקן קיימות עד ימינו, אבני מיל רבים התגלו לאורכן. מתקופה זו נותר גשר בעל קשת כפולה, הוא נמצא בצמוד לבריכה שבנחל קיני.

לגיו מופיעה בכמה וכמה מקורות מהתקופה הביזנטית ואילך. בתקופה המוסלמית הוקם במקום חאן בשם לג'ון.

בתחילת המאה העשרים היגרו משפחות ערביות מאום אל פחם והקימו ישוב קטן בשם לג'ון. בתקופת מאורעות תרצ"ו-ט (1936-9) הקימו הבריטים מצודת טיגארט בצומת מגידו, היא משמשת כיום ככלא למחבלים.

בראשית ימי המדינה נכבש השטח מהצבא העירקי ששכן בו, והוקם קיבוץ מגידו הסמוך.