הגן הלאומי מגדל צדק נמצא על הגבול בין מישור החוף לשפלה.

שיפוליו המערביים של רכס הגבעות, הם קו המגע בין מישור החוף והשפלה. ההולכים בדרכים בימי קדם (וגם כיום) העדיפו לצעוד במישור השטוח ולא לטפס ולרדת על הגבעות, לכן הדרך המרכזית שחצתה את ארץ ישראל בקו דרום-צפון, היתה דרך-הים (ויה מאריס) שהלכה לאורך מישור החוף וקישרה בין מצרים לסוריה.

הגשם היורד על הרי השומרון מחלחל פנימה לתוך שכבות הגיר (האקויפר), ועושה בהן עד דרכו עד שהוא נתקל בשכבה אטימה למים (האקוויקלוד). שכבה זו נמצאת בקו המגע שבין השפלה למישור, מה שגורם לפרץ המעיינות היוצרים את נחל הירקון.

נחל הירקון מתחיל בפארק אפק הסמוך, ומשם הוא מתפתל עד שנשפך לימה של תל אביב.

עובדה זו מחייבת את ההולכים בדרך-הים לעבור בתווך צר (3 ק"מ לערך) בין גבעות ראש העין למקורות הירקון.

מי ששולט בגבעות אלו, שולט בעצם על המעבר בין חלקי הארץ יהודה וגליל, ובין חלקי הסהר-הפורה מצרים וסוריה.

עובדה זו הביאה עוד בתקופה קדומה את המבקשים למשול בארץ ישראל, ליצור לעצמם בסיס אחיזה דוגמת מבצר או מגדל-תצפית על גבי רכס זה.

עוד יש לשים לב שלכאן נשפך אפיק נחל שילה היורד מקו פרשת המים שבשדרת ההר המרכזי. משם לכיון מזרח יורד אפיקו של נחל ייטב (ואדי אל עוג'ה), תופעה שיוצרת קו גבול טבעי שהמגן עליו יכול לחלק את הארץ לרוחבה. מה שעשו הבריטים בימי מלחמת העולם הראשונה ונקרא בשם "קו העוג'ות" (עוג'ה בערבית הוא פתלתל, הירקון הוא נחל הזורם בפיתולים רבים ולכן נקרא בערבית ואדי אל עוג'א, כשמו של נחל ייטב).

רובו המוחלט של המבצר הנוכחי עדין לא נחפר, אך המעט שנגלה לעיני המבקר מלמד על מקום שמי שבנה אותו השיג בכך שליטה בתצפית על פני כל מישור החוף ועד לים.

בתקופת השופטים, בימי היות עלי הכהן הגדול במשכן שילה, נפגשו בסביבה זו צבאות ישראל ופלישתים למלחמה בה נפל ארון הברית ונחרב המשכן (שמואל א' פרק ד'): "וַיְהִי דְבַר שְׁמוּאֵל לְכָל יִשְׂרָאֵל, וַיֵּצֵא יִשְׂרָאֵל לִקְרַאת פְּלִשְׁתִּים לַמִּלְחָמָה, וַיַּחֲנוּ עַל הָאֶבֶן הָעֵזֶר, וּפְלִשְׁתִּים חָנוּ בַאֲפֵק. וַיַּעַרְכוּ פְלִשְׁתִּים לִקְרַאת יִשְׂרָאֵל, וַתִּטֹּשׁ הַמִּלְחָמָה, וַיִּנָּגֶף יִשְׂרָאֵל לִפְנֵי פְלִשְׁתִּים, וַיַּכּוּ בַמַּעֲרָכָה בַּשָּׂדֶה כְּאַרְבַּעַת אֲלָפִים אִישׁ. וַיָּבֹא הָעָם אֶל הַמַּחֲנֶה, וַיֹּאמְרוּ זִקְנֵי יִשְׂרָאֵל לָמָּה נְגָפָנוּ ה' הַיּוֹם לִפְנֵי פְלִשְׁתִּים, נִקְחָה אֵלֵינוּ מִשִּׁלֹה אֶת אֲרוֹן בְּרִית ה' וְיָבֹא בְקִרְבֵּנוּ וְיֹשִׁעֵנוּ מִכַּף אֹיְבֵינוּ. וַיִּשְׁלַח הָעָם שִׁלֹה, וַיִּשְׂאוּ מִשָּׁם אֵת אֲרוֹן בְּרִית ה' צְבָאוֹת יֹשֵׁב הַכְּרֻבִים, וְשָׁם שְׁנֵי בְנֵי עֵלִי עִם אֲרוֹן בְּרִית הָאֱלֹהִים חָפְנִי וּפִינְחָס. וַיְהִי כְּבוֹא אֲרוֹן בְּרִית ה' אֶל הַמַּחֲנֶה, וַיָּרִעוּ כָל  יִשְׂרָאֵל תְּרוּעָה גְדוֹלָה, וַתֵּהֹם הָאָרֶץ. וַיִּשְׁמְעוּ פְלִשְׁתִּים אֶת קוֹל הַתְּרוּעָה וַיֹּאמְרוּ, מֶה קוֹל הַתְּרוּעָה הַגְּדוֹלָה הַזֹּאת בְּמַחֲנֵה הָעִבְרִים, וַיֵּדְעוּ כִּי אֲרוֹן ה' בָּא אֶל הַמַּחֲנֶה. וַיִּרְאוּ הַפְּלִשְׁתִּים, כִּי אָמְרוּ בָּא אֱלֹהִים אֶל הַמַּחֲנֶה, וַיֹּאמְרוּ אוֹי לָנוּ כִּי לֹא הָיְתָה כָּזֹאת אֶתְמוֹל שִׁלְשֹׁם. אוֹי לָנוּ, מִי יַצִּילֵנוּ מִיַּד הָאֱלֹהִים הָאַדִּירִים הָאֵלֶּה, אֵלֶּה הֵם הָאֱלֹהִים הַמַּכִּים אֶת מִצְרַיִם בְּכָל מַכָּה בַּמִּדְבָּר. הִתְחַזְּקוּ וִהְיוּ לַאֲנָשִׁים פְּלִשְׁתִּים, פֶּן תַּעַבְדוּ לָעִבְרִים כַּאֲשֶׁר עָבְדוּ לָכֶם,  וִהְיִיתֶם לַאֲנָשִׁים וְנִלְחַמְתֶּם. וַיִּלָּחֲמוּ פְלִשְׁתִּים, וַיִּנָּגֶף יִשְׂרָאֵל  וַיָּנֻסוּ אִישׁ לְאֹהָלָיו, וַתְּהִי הַמַּכָּה גְּדוֹלָה מְאֹד, וַיִּפֹּל מִיִּשְׂרָאֵל שְׁלֹשִׁים אֶלֶף רַגְלִי. וַאֲרוֹן אֱלֹהִים נִלְקָח, וּשְׁנֵי בְנֵי עֵלִי מֵתוּ חָפְנִי וּפִינְחָס. וַיָּרָץ אִישׁ בִּנְיָמִן מֵהַמַּעֲרָכָה וַיָּבֹא שִׁלֹה בַּיּוֹם הַהוּא,  וּמַדָּיו קְרֻעִים וַאֲדָמָה עַל רֹאשׁוֹ. וַיָּבוֹא, וְהִנֵּה עֵלִי יֹשֵׁב עַל-הַכִּסֵּא יַד דֶּרֶךְ מְצַפֶּה, כִּי הָיָה לִבּוֹ חָרֵד עַל אֲרוֹן הָאֱלֹהִים, וְהָאִישׁ בָּא לְהַגִּיד בָּעִיר, וַתִּזְעַק כָּל הָעִיר. וַיִּשְׁמַע עֵלִי אֶת קוֹל הַצְּעָקָה, וַיֹּאמֶר מֶה קוֹל הֶהָמוֹן הַזֶּה, וְהָאִישׁ מִהַר וַיָּבֹא וַיַּגֵּד לְעֵלִי. וְעֵלִי בֶּן תִּשְׁעִים וּשְׁמֹנֶה שָׁנָה, וְעֵינָיו קָמָה וְלֹא יָכוֹל לִרְאוֹת. וַיֹּאמֶר הָאִישׁ אֶל עֵלִי,  אָנֹכִי הַבָּא מִן הַמַּעֲרָכָה, וַאֲנִי מִן הַמַּעֲרָכָה נַסְתִּי הַיּוֹם,  וַיֹּאמֶר מֶה הָיָה הַדָּבָר בְּנִי. וַיַּעַן הַמְבַשֵּׂר וַיֹּאמֶר, נָס יִשְׂרָאֵל לִפְנֵי פְלִשְׁתִּים, וְגַם מַגֵּפָה גְדוֹלָה הָיְתָה בָעָם, וְגַם שְׁנֵי בָנֶיךָ מֵתוּ חָפְנִי וּפִינְחָס, וַאֲרוֹן הָאֱלֹהִים נִלְקָחָה. וַיְהִי כְּהַזְכִּירוֹ אֶת אֲרוֹן הָאֱלֹהִים וַיִּפֹּל מֵעַל הַכִּסֵּא אֲחֹרַנִּית בְּעַד יַד הַשַּׁעַר, וַתִּשָּׁבֵר מַפְרַקְתּוֹ וַיָּמֹת, כִּי זָקֵן הָאִישׁ וְכָבֵד, וְהוּא שָׁפַט אֶת יִשְׂרָאֵל אַרְבָּעִים שָׁנָה".

לא במקרה הוא שהם נפגשו דוקא במקום זה. הפלישתים חיו במישור החוף, הישראלים בהר. הפלישתים שאפו כל העת לעלות ההרה ולדחוק את רגלי הישראלים, לעיתים גם הצליחו בכך ותקעו יתד בבית לחם ובמכמש.

בין מגדל צדק נחשונים עובר אפיק הנחל ההולך משילה הנה, ושמו כיום "נחל שילה", מסתבר שדרך נחל זה עברו הצבאות ורץ המבשר.

יוסף בן מתתיהו מספר שבמקום זה הנקרא "מגדל אפק" (אפק הוא מקום מים רבים, ברבים-אפיקים, כך נקראת אפק כאן ועל יד עכו וכן במזרח הכינרת), היה ישוב יהודי בימי המרד הגדול, והוא חרב ע"י הרומאים, שרידים מתקופה זו מצויים בעמקי המצודה שעדין לא נחפרו, ובמערות קבורה יהודיות (ובהן עצמות!)  על גבעת קבר השייח'.

בתקופה הרומית והביזנטית היה במקום ישוב, שרידים ממנו נראה בסיורנו. בתקופה הצלבנית נבנתה במקום מצודה בשם "מיראבל" (=יפה נוף), והיא חרבה בתקופה המוסלמית, נבנתה שוב וחרבה.

לפני כארבע מאות שנה הוקם במקום כפר ערבי בשם מג'דל יאבא (שיבוש אופייני למילים מגדל יפו), לפני כמאתיים שנה השתלט על האזור שייח' בשם צאדק אל ג'מעיני שהתעסק בשוד עוברי דרכים, עד שהעלה את חמתם של הטורקים והם הגלו אותו לבוסניה.

בסופו של דבר חרב הכפר בימי מלחמת העצמאות ותושביו נמלטו מזרחה. בהוראת ראש הממשלה דאז נהרסו בתיו. שרידי בית הקברות של הכפר מצויים בעמק שמאחורי גבעת קבר השייח'.

בסביבה זו צומחים פרחי בר רבים ומגוונים, בהם, תלתן הארגמן, חרצית עטורה, עכנאי יהודה, חצב מצוי, חרדל לבן, כלנית מצויה, ועוד.