"אבן העזר" מוזכרת בתנ"ך כשמם של כמה אתרים, האתר שאנו עוסקים בו כעת מוזכר כמקום עמידתם של בני ישראל בעת מלחמתם עם הפלישתים, מלחמה בה נשבה ארון האלוקים ונחרב משכן שילה.

"וַיְהִי דְבַר-שְׁמוּאֵל לְכָל יִשְׂרָאֵל וַיֵּצֵא יִשְׂרָאֵל לִקְרַאת פְּלִשְׁתִּים לַמִּלְחָמָה וַיַּחֲנוּ עַל-הָאֶבֶן הָעֵזֶר וּפְלִשְׁתִּים חָנוּ בַאֲפֵק. וַיַּעַרְכוּ פְלִשְׁתִּים לִקְרַאת יִשְׂרָאֵל וַתִּטֹּשׁ הַמִּלְחָמָה וַיִּנָּגֶף יִשְׂרָאֵל לִפְנֵי פְלִשְׁתִּים וַיַּכּוּ בַמַּעֲרָכָה בַּשָּׂדֶה כְּאַרְבַּעַת אֲלָפִים אִישׁ. וַיָּבֹא הָעָם אֶל-הַמַּחֲנֶה וַיֹּאמְרוּ זִקְנֵי יִשְׂרָאֵל לָמָּה נְגָפָנוּ ה' הַיּוֹם לִפְנֵי פְלִשְׁתִּים נִקְחָה אֵלֵינוּ מִשִּׁלֹה אֶת אֲרוֹן בְּרִית ה' וְיָבֹא בְקִרְבֵּנוּ וְיֹשִׁעֵנוּ מִכַּף אֹיְבֵינוּ. וַיִּשְׁלַח הָעָם שִׁלֹה וַיִּשְׂאוּ מִשָּׁם אֵת אֲרוֹן בְּרִית ה' צְבָאוֹת יֹשֵׁב הַכְּרֻבִים וְשָׁם שְׁנֵי בְנֵי עֵלִי עִם אֲרוֹן בְּרִית הָאֱלֹקִים חָפְנִי וּפִינְחָס. וַיְהִי כְּבוֹא אֲרוֹן בְּרִית ה' אֶל הַמַּחֲנֶה וַיָּרִעוּ כָל יִשְׂרָאֵל תְּרוּעָה גְדוֹלָה וַתֵּהֹם הָאָרֶץ. וַיִּשְׁמְעוּ פְלִשְׁתִּים אֶת קוֹל הַתְּרוּעָה וַיֹּאמְרוּ מֶה קוֹל הַתְּרוּעָה הַגְּדוֹלָה הַזֹּאת בְּמַחֲנֵה הָעִבְרִים וַיֵּדְעוּ כִּי אֲרוֹן ה' בָּא אֶל הַמַּחֲנֶה. וַיִּרְאוּ הַפְּלִשְׁתִּים כִּי אָמְרוּ בָּא אֱלֹהִים אֶל הַמַּחֲנֶה וַיֹּאמְרוּ אוֹי לָנוּ כִּי לֹא הָיְתָה כָּזֹאת אֶתְמוֹל שִׁלְשֹׁם.  אוֹי לָנוּ מִי יַצִּילֵנוּ מִיַּד הָאֱלֹקִים הָאַדִּירִים הָאֵלֶּה אֵלֶּה הֵם הָאֱלֹקִים הַמַּכִּים אֶת מִצְרַיִם בְּכָל מַכָּה בַּמִּדְבָּר. הִתְחַזְּקוּ וִהְיוּ לַאֲנָשִׁים פְּלִשְׁתִּים פֶּן תַּעַבְדוּ לָעִבְרִים כַּאֲשֶׁר עָבְדוּ לָכֶם וִהְיִיתֶם לַאֲנָשִׁים וְנִלְחַמְתֶּם. וַיִּלָּחֲמוּ פְלִשְׁתִּים וַיִּנָּגֶף יִשְׂרָאֵל וַיָּנֻסוּ אִישׁ לְאֹהָלָיו וַתְּהִי הַמַּכָּה גְּדוֹלָה מְאֹד וַיִּפֹּל מִיִּשְׂרָאֵל שְׁלֹשִׁים אֶלֶף רַגְלִי. וַאֲרוֹן אֱלֹקִים נִלְקָח וּשְׁנֵי בְנֵי עֵלִי מֵתוּ חָפְנִי וּפִינְחָס. וַיָּרָץ אִישׁ בִּנְיָמִן מֵהַמַּעֲרָכָה וַיָּבֹא שִׁלֹה בַּיּוֹם הַהוּא וּמַדָּיו קְרֻעִים וַאֲדָמָה עַל רֹאשׁוֹ. וַיָּבוֹא וְהִנֵּה עֵלִי יֹשֵׁב עַל הַכִּסֵּא יַד דֶּרֶךְ מְצַפֶּה כִּי-הָיָה לִבּוֹ חָרֵד עַל אֲרוֹן הָאֱלֹקִים וְהָאִישׁ בָּא לְהַגִּיד בָּעִיר וַתִּזְעַק כָּל הָעִיר. וַיִּשְׁמַע עֵלִי אֶת קוֹל הַצְּעָקָה וַיֹּאמֶר מֶה קוֹל הֶהָמוֹן הַזֶּה וְהָאִישׁ מִהַר וַיָּבֹא וַיַּגֵּד לְעֵלִי. וְעֵלִי בֶּן תִּשְׁעִים וּשְׁמֹנֶה שָׁנָה וְעֵינָיו קָמָה וְלֹא יָכוֹל לִרְאוֹת.  וַיֹּאמֶר הָאִישׁ אֶל עֵלִי אָנֹכִי הַבָּא מִן הַמַּעֲרָכָה וַאֲנִי מִן הַמַּעֲרָכָה נַסְתִּי הַיּוֹם וַיֹּאמֶר מֶה הָיָה הַדָּבָר בְּנִי. וַיַּעַן הַמְבַשֵּׂר וַיֹּאמֶר נָס יִשְׂרָאֵל לִפְנֵי פְלִשְׁתִּים וְגַם מַגֵּפָה גְדוֹלָה הָיְתָה בָעָם וְגַם-שְׁנֵי בָנֶיךָ מֵתוּ חָפְנִי וּפִינְחָס וַאֲרוֹן הָאֱלֹקִים נִלְקָחָה". (שמואל א פרק ד).

"אפק" פירושה מקום בו ישנם מים רבים, כמו ההטייה ברבים "אפיקים". אפק המקומית מזוהה עם מבצר אנטיפטרוס שמעל מקורות הירקון, להבדיל מאפק הצפונית שממזרח לקרית ביאליק.

דרך הים הקדומה עברה בין תחילת נחל הירקון לגבעות המתרוממות מזרחית לה באיזור ראש העין של ימינו. אל רצועה צרה שרוחבה פחות מק"מ אחד התנקזו כל עוברי הדרכים.

אם אכן נאספו הפלישתים יושבי החוף אל מעבר לאנטיפטרוס, הגיוני ביותר שהיהודים יתקבצו אל אחת הגבעות שממזרח לה, והקרב התחולל במישור שביניהם.