שמורת הדן מקיפה את האיזור בו נובעים מעיינות הדן – שהינו המקור העיקרי של נהר הירדן ואת האיזור של תל דן – שם שכנה כנראה העיר דן המקראית .

הפעם הראשונה בה מוזכר ישוב בשם דן במקרא, בצפון הארץ,  הינה בימי אברהם אבינו אשר רדף אחרי שוביו של לוט אחיינו עד דן שבצפון הארץ – בבראשית י"ד פס' י"ד-ט"ו : "וישמע אברם כי נשבה אחיו וירק את חניכיו ילידי ביתו שמנה עשר ושלש מאות וירדף עד דן.  ויחלק עליהם לילה הוא ועבדיו ויכם וירדפם עד חובה אשר משמאל לדמשק"

הישוב דן מוזכן גם בספר שופטים, פרק י"ח כמבקום בו בוצב פסל מיכה ובו שכן מקדש עד הגלות. "וילכו חמשת האנשים ויבאו לישה ויראו את העם אשר בקרבה יושבת לבטח כמשפט צדנים שקט ובטח ואין מכלים דבר בארץ יורש עצר ורחקים המה מצדנים ודבר אין להם עם אדם. ויבאו אל אחיהם צרעה ואשתאל ויאמרו להם אחיהם מה אתם.  ויאמרו קומה ונעלה עליהם כי ראינו את הארץ והנה טובה מאד ואתם מחשים אל תעצלו ללכת לבא לרשת את הארץ . כבאכם תבאו אל עם בטח והארץ רחבת ידים כי נתנה אלהים בידכם מקום אשר אין שם מחסור כל דבר אשר בארץ,  ויסעו משם ממשפחת הדני מצרעה ומאשתאל שש מאות איש חגור כלי מלחמה.  ויעלו ויחנו בקרית יערים ביהודה על כן קראו למקום ההוא מחנה דן עד היום הזה הנה אחרי קרית יערים.  ויעברו משם הר אפרים ויבאו עד בית מיכה.  ויענו חמשת האנשים ההלכים לרגל את הארץ ליש ויאמרו אל אחיהם הידעתם כי יש בבתים האלה אפוד ותרפים ופסל ומסכה ועתה דעו מה תעשו. ויסורו שמה ויבאו אל בית הנער הלוי בית מיכה וישאלו לו לשלום. ושש מאות איש חגורים כלי מלחמתם נצבים פתח השער אשר מבני דן.  ויעלו חמשת האנשים ההלכים לרגל את הארץ באו שמה לקחו את הפסל ואת האפוד ואת התרפים ואת המסכה והכהן נצב פתח השער ושש מאות האיש החגור כלי המלחמה.  ואלה באו בית מיכה ויקחו את פסל האפוד ואת התרפים ואת המסכה ויאמר אליהם הכהן מה אתם עשים. ויאמרו לו החרש שים ידך על פיך ולך עמנו והיה לנו לאב ולכהן הטוב היותך כהן לבית איש אחד או היותך כהן לשבט ולמשפחה בישראל. וייטב לב הכהן ויקח את האפוד ואת התרפים ואת הפסל ויבא בקרב העם. ויפנו וילכו וישימו את הטף ואת המקנה ואת הכבודה לפניהם.  המה הרחיקו מבית מיכה והאנשים אשר בבתים אשר עם בית מיכה נזעקו וידביקו את בני דן. ויקראו אל בני דן ויסבו פניהם ויאמרו למיכה מה לך כי נזעקת.  ויאמר את אלהי אשר עשיתי לקחתם ואת הכהן ותלכו ומה לי עוד ומה זה תאמרו אלי מה לך.  ויאמרו אליו בני דן אל תשמע קולך עמנו פן יפגעו בכם אנשים מרי נפש ואספתה נפשך ונפש ביתך.  וילכו בני דן לדרכם וירא מיכה כי חזקים המה ממנו ויפן וישב אל ביתו. והמה לקחו את אשר עשה מיכה ואת הכהן אשר היה לו ויבאו על ליש על עם שקט ובטח ויכו אותם לפי חרב ואת העיר שרפו באש. ואין מציל כי רחוקה היא מצידון ודבר אין להם עם אדם והיא בעמק אשר לבית רחוב ויבנו את העיר וישבו בה. ויקראו שם העיר דן בשם דן אביהם אשר יולד לישראל ואולם ליש שם העיר לראשנה. ויקימו להם בני דן את הפסל ויהונתן בן גרשם בן מנשה הוא ובניו היו כהנים לשבט הדני עד יום גלות הארץ. וישימו להם את פסל מיכה אשר עשה כל ימי היות בית האלהים בשלה"