מערות אפקה נתגלו במהלך עבודות לסלילת תוואי הרכבת, הן נחפרו אז ונחפרו מחדש במהלך סלילת נתיבי איילון.

במקום נתגלו ממצאים רבים, נרות, מטבעות, כלים שונים וגם קמע עשוי ברונזה שעליו שמו של הקב"ה.

בגלל סוג הכתב, נראה כי מדובר במערות שומרוניות, אך יש הטוענים כי הן נוצריות (למרות שסגנון הקבורה אינו כזה) או יהודיות.

המערות מתוארכות לתקופה הביזנטית, בה הייתה אוכלוסיית השמורונים בשיא גדולתה, למעלה ממליון נפש.

אך מרד השומרונים בשלטון הביא לטבח המוני שכמעט וחיסל את העדה כליל.

כיום נותרו כ 700 נפש, רובם מתגורר בהר גריזים, מיעוטם מתגורר כל ימות השנה בחולון, ועולה להר לימי החגים.

לפני כל מערה ישנה חצר, ובצידיה ספסלי ישיבה.

בתוך המערות 3-6 כוכי קבורה, על פי כמות העצמות שנמצאו בתוכן נראה כי הן שימשו לקבורה חוזרת ונשנית, כך גם מסתבר על פי כמות המסמרים ששימשו כפי הנראה בארונות העץ בהם הושמו הגופות.

בצד מערות הקבורה נמצא בור ובתוכו עצמות בעלי חיים מסוגים שונים. ישנן השערות סביב עובדה זו, וקשה להכריע ביניהן.

הישוב הקרוב ביותר למערות אלו, שכן כ 200 מזרחית להן, מעברו השני של נתיבי איילון, האם זה בית הקברות שלו? השאלות רבות, ותשובה ברורה עדין אין.

הבקעה בה מצוייות המערות, שוכנת בין רכסי הכורכר של מישור החוף. היא מורכבת מכמה סוגי אדמה, כורכר, חולות נודדים, חמרה וקרקעות כבדות, בכל אחד מהן ישנו צומח אופייני.

הבקעה מנוקזת ע"י נחל אחיה הזורם לאחר רדת הגשמים, שימורה כריאה ירוקה הוא אתגר לפרנסי העיר ותושביה.