מאפייני ישוב זה מתארכים אותו לתקופת מרד בר כוכבא. ההיסטוריון הרומאי דיוקסיס תיאר את מערכות המיסתור שבנו היהודים בזמן המרד, והן תואמות את הממצא בשטח. אולם בחפירות שנערכות באתר בימים אלו מתגלים ממצאים [כתובות וסמלים] שמעידים גם על התיישבות נוצרית בתקופה מאוחרת יותר.

שמו של האתר בערבית הוא "חירבת דורסייה" ומכאן נקבע השם העברי חורבת מדרס.

מקור השם:

האתר התגלה ע"י הארכיאולוג הצרפתי ויקטור גרן שסייר בא"י לפני כמאה ושלושים שנה, וחזר ונתגלה במהלך סקר שערכו במקום אנשי המרכז לחקר מערות מהישוב עפרה לפני כעשרים שנה. באתר למקור שמו ישנן מספר תיאוריות.

1. זאב וילנאי משער שישנו קשר בין שם המקום ליונים "הרדסיות" עליהן מספרת הגמרא [יונים מזן מיוחד שפותח ע"י הורדוס ומיועדות לאכילה אך עפות בקושי רב], ואשר גידלו אותן במקום זה. אולם זו השערה כוללנית מידי מפני שקולומבריומים מצויים בכל רחבי שפלת יהודה ולאו דוקא כאן.

2. החוקר זאב (ז'אבו) ארליך משער שזו עירו של "בן דרוסאי" מראשי המורדים בתקופת בר כוכבא, שמוזכר בתלמוד הירושלמי (עבודה זרה דף כז פרק ד הלכה ד) כמי ששבר את הצלמים "רבי יוחנן אמר לבר דרוסיי: חות ותכר כל אילין צלמייא דנו דימוסין, ונחת ותבר כולהון פרא חד. ולמה כן ? אמר רבי יוסי בי רבי בון: מפני שנחשד ישראל אחד להיות מקטיר עליו".

על שום מנהגו של בן דרוסאי זה למהר ולאכול את תבשילו בעודו מבושל למחצה (או לשליש) נקבעה ההגדרה ההלכתית "כמאכל בן דרוסאי" לגבי שיעור בישול בשבת, וכך נאמר (בבלי מנחות דף נז): "אמר רבי יוחנן: הניח בשר על גבי גחלים, היפך בו חייב לא היפך בו פטור. אמר רבא: מאי חייב נמי דקאמר ? כמעשה צלי של שבת. גופא. אמר רבה בר בר חנה אמר רבי יוחנן: הניח בשר על גבי גחלים, היפך בו חייב לא היפך בו פטור. היכי דמי. אילימא דאי לא היפך ביה לא בשיל, פשיטא. אלא דאי לא מהפיך ליה נמי הוה בשיל, אמאי לא מיחייב? לא צריכא, דאי לא היפך ביה הוה בשיל מצד אחד כמאכל בן דרוסאי, וכי מהפיך ביה בשיל משני צדדין כמאכל בן דרוסאי,  וקמ"ל דכל מצד אחד כמאכל בן דרוסאי".

ההקשר בין מערכות המסתור לתקופת המרד מופיע גם במסכת שבת (דף ס.) בדיון אודות איסור נעילת סנדל מסומר בשבת: "סנדל המסומר מאי טעמא? אמר שמואל שלפי הגזרה היו, והיו נחבאין במערה, ואמרו הנכנס יכנס והיוצא אל יצא. נהפך סנדלו של אחד מהן. כסבורין הם אחד מהן יצא, וראוהו אויבים, ועכשיו באין עליהן. דחקו זה בזה והרגו זה את זה יותר ממה שהרגו בהם אויבים. רבי אילעאי בן אלעזר אומר: במערה היו יושבין, ושמעו קול מעל גבי המערה, כסבורין היו שבאו עליהם אויבים, דחקו זה בזה והרגו זה את זה יותר ממה שהרגו בהן אויבים".

3. פרופ' עמוס קלונר שחפר הרבה באזור (ובעיקר במראשה) מציע שמקור השם נמצא ב"דרוסיאס" שמוזכרת בספרו של ההיסטוריון קלאודיוס פטולומאיוס בן המאה השניה לספירה. חולשת הנחה זו נעוצה בעובדה שקלודיוס תיאר במדויק את מיקום הישוב והוא צפונית לכאן. אמנם ניתן לישב סתירה זו בכך שהספר המצוי בדינו אינו המקורי אלא העתק שיתכן והוא משובש מעט. אפשרות אחרת היא שאת שם המקום העניק המלך הורדוס לכבודו של הקיסר הרומי אוגוסטוס, על שם בנו המאומץ Nero Claudius Drusus Germanicus שהיה מפקד בצבאו ונפטר בגיל צעיר בנופלו מעל גבו של סוס. מותו היכה בתדהמה את העולם הרומי, והורדוס שהעריץ אץ אביו החורג הקים ישוב על שמו.

במפת מידבא מוזכר הישוב זכריה באזור זה. עם גילוי הכנסיה בשולי האתר ובתוכה קבר, ניתן לשער שזוהי זכריה המקורית. הישוב הערבי זכריה הועתק למקום הישוב היהודי הנוכחי עקב בריחת תושביו בתקופה מאוחרת.

בתל שלאורכו נסייר מספר ממצאים מענינים, ובהם מערכת מסתור, מערת קבורה יהודית, מערה נוספת ועל גבה פירמידה (נפש?), קיר גזית שיתכן והוא שריד לבית כנסת, כנסיה שנבנתה על גבי מבנה קדום (בית כנסת?), ועוד.

באזור שפלת יהודה נתגלו עשרות אלפי מערות כולן מעשי ידי אדם. הן מתוארכות לתקופת מרד בר כוכבא, ולמעשה שימשו למיסתור מפני הרומאים.

בשלב הראשון נחצבה מערה מתחת לכל בית. במערה זו הוסתר היבול החקלאי וחפצי הערך מפני השלטון הרומאי שנגש בתושבים והטיל עליהם מסים כבדים. בשלב השנה חוברו המערות במנהרות צרות, מה שאיפשר הימלטות בעת פשיטה ומיקוד הצבא הרומאי האדיר לחייל בודד הזוחל במנהרה מפותלת כשהוא חשוף לידי יושבי המערה, בכך הצליחו היהודים להחליש עד לבלי הכר את כוחו של הצבא האדיר.

ובכל זאת מרד בר כוכבא הוכרע במותם של למעלה ממליון יהודים, וזאת על שהרג את ר' אליעזר המודעי (ירושלמי מסכת תענית דף כד') או מפני שהכזיב באומרו כלפי שמיא שאין לו צורך בעזרתו (שם ובבלי מסכת גיטין דף נז').

הקמת מערכת כה מורכבת ארכה שנים מספר וחייבה ארגון מרכזי של שלטון חזק, מפני שלמרות רכות החומר בו נחצבו המנהרות (קירטון) הרי שחציבת מנהרה כה צרה ומפותלת, מחייבת ידע ומיכשור הנדסי..