במקום ישנו מבנה [שהכניסה אליו סגורה] שלמרגלותיו נמצאת בריכת מים גדולה, מס' תעלות מים שבעבר שימשו להשקיית השדות, ובור מים תת קרקעי אליו המעיין היה נובע, [שהכניסה אליו נמצאת מעבר לשביל] וממנו יוצאות מס' נקבות ששמשו בעבר להולכת המים, כשאורכה של הארוכה שבהן הוא כ 10 מ'. אל הבור יורדות 7 מדרגות ועל הקיר ניתן לראות עד היכן הגיע מפלס המים בשנים עשירות במשקעים. אל הבור חודרת קרן אור בודדת דרך הצוהר בתקרתו המשווה לבור אווירת מסתורין. בתוך הבוקר האוויר צונן ונעים גם בימים החמים ביותר.

בעבר הלא רחוק מידי חורף היו מתמלאות בעין קובי הבריכה התת קרקעית והבריכה החיצונית אולם עקב התמעטות הגשמים בשנים האחרונות, כיום הבריכה החיצונית של עין קובי יבשה לחלוטין ועומקם של המים נכון לאביב 2017 נע בין 30 ס"מ ל מטר.

אז אם אין מים למה בכל זאת להגיע למקום? בגלל האווירה בתוך הבור התת קרקעי והשלווה מתחת לעצים הנותנת לפיקניק שעורכים במקום ערך מוסף.

אזהרות: בכניסה לבריכה התת קרקעית ישנם המוני יתושים [כמו בהרבה מקומות בהם ישנם מים עומדים] – מומלץ להתמרח בחומר דוחה יתושים לפני שמנסים להכנס. כמו כן מי שמתכנן לסייר בניקבות – שלא ישכח להביא פנס.