המושבה ראש פינה הוקמה תחילה בשנת תרל"ח (1878) בידי קבוצת תושבים מצפת שביקשו להקים ישוב בעל אופי חקלאי.

הם ירדו מצפת לכפר הערבי ג'עוני ורכשו חלקות אדמה רבות. הם נתנו לישוב את השם גיא אוני, שהוא עיברות של השם הערבי ג'עוני.

המתיישבים, שמנו שבע עשרה משפחות, שלא היו אנשי אדמה ולא ידעו כיצד לעבד אותה, סבלו מבצורת ומגיפות רבות, שכילו בהם ובילדיהם. הם ניסו לגייס כספים בחו"ל אך ללא הצלחה, רוב מוחלט של התושבים עזבו בחזרה לצפת, והישוב הלך והתפורר.

לאחר חמש שנים (תרמ"ב – 1882) נרכשו האדמות בידי יהודים מרומניה ורוסיה, 30 משפחות עלו למקום והתיישבו בו, או אז הם שינו את השם מגיא-אוני לראש-פינה, ע"ש הפסוק בתהילים (פרק קיח'): "אֶבֶן מָאֲסוּ הַבּוֹנִים, הָיְתָה לְרֹאשׁ פִּנָּה". השלטון הטורקי הקשה עליהם באוסרו לבנות בתים חדשים, אך לאחר שנתיים נוספות פרש הברון רוטשילד את חסותו על הישוב הקים בו מפעל ליצור חוטי משי שפשט את הרגל, ובהמשך הזמן עברה החסות לגופים אחרים, יק"א (של הברון הירש) ופיק"א (של בנו של הברון רוטשילד).

לאט לאט עלתה המושבה על דרך המלך, האגרונום אהרן אהרונסון (לימים איש ניל"י וזכרון יעקב) גילה את אם החיטה, הלא היא חיטת הבר ממנה התפתחה החיטה המבוייתת. פרופ' גדעון מר נשלח ע"י הבריטים והדביר את יתושי הקדחת ועולים נוספים התישבו בה.

בשנותיה הראשונות הייתה ראש פינה ראש החץ של ההתיישבות היהודית באזור. אדמות מטולה נרכשו בשנת תרנ"ג (1893) והמושבה הוקמה רק בשנת תרנ"ו (1896), יתר מושבות אצבע הגליל הוקמו עשרות שנים לאחר מכן.

בשנת תרע"ד (1913) יצאו רבני הישוב הישן מירושלים למסע אל המושבות של הישוב החדש ברחבי השומרון (חוף הכרמל של ימינו) והגליל. בראש המסע ההוא עמדו הרבנים יוסף חיים זוננפלד ואבהם יצחק הכהן קוק זצ"ל, בין היתר הם הגיעו לראש פינה ונפגשו עם תושביה. כך מתואר המפגש ביומן המסע שכתב אחד מחברי המשלחת: "והרב הורוויץ נעתר לבקשה ויבאר להם בקצרה מטרת נסיעתם בנוגע להפרשת תרומות ומעשרות. הרב מיפו התחיל להרצות כמנהגו את שלושת העיקרים אשר שמו הרבנים לקו עבודתם: החינוך, שבת, והמצוות התלויות בארץ, ביחוד תרומות ומעשרות.

הרב מיפו דרש בהתרגשות גדולה ובדמעות, והאריך בדבריו כמה גדולה היא החובה להעמיד את התחיה הלאומית על נקודת קודש ישראל לה', הכוללת כל התורה  כולה, באמונה, בהכרה ובמעשה".

גם במסע השני שנערך לאחר עשור (תרפ"ג – 1923) ביקרו הרבנים קוק (שכבר היה הרב הראשי לישראל), חרל"פ ואהרונסון (רבה של תל אביב) זצ"ל במושבה, ולימדו את המתיישבים פרק בהלכות התלויות בארץ.

מתחת לראש פינה הקימו הבריטים מבנה משטרה, שעם עזיבתם את הארץ נמסר על ידם לערבים אך שוחרר ע"י אנשי האצ"ל.

לאורך השנים היו היחסים בין מתיישבי ראש פינה לערביי הסביבה טובים, למרות זאת, בתחילת מלחמת העצמאות הם העדיפו להימלט ולהמתין ליום בו יכבוש הצבא הסורי את השטח וימסור אותו לידיהם.

ראש פינה כיום היא מושבה גדולה ופורחת, ומשמשת מרכז אזורי ביחד עם חצור הגלילית הסמוכה.