החיד"א והרב מרדכי אליהו קבורים באותו המבנה היות שהרב אליהו טיפל בהעלאת עצמותיו של החיד"א לארץ – לפי הוראת הרב ניסים – בשנת 1960. מחוץ למבנה הקבר המפואר ישנה עמדת מסבירן קולית אשר באמצעותה ניתן לשמוע את קורותיהם של שני הצדיקים.

מצבתו של הרב אליהו נבנתה בעבודה עברית מאבנים מארבע ערי הקודש ע"י האומן אסף קדרון – בחוות גבעות עולם ליד איתמר. על המצבה חקוק: "אהבת עולם נפשו בערה, מזבח תוקד סתר עליון סתרה. עוצם עיונו חוט השערה, לפני קודשו זרחה נהרה, מעפעפי שחר רוחו שוררה, יושב על מדין באמונה ויושרה. פסקיו קבע באהבת תורה, מאמר מרדכי דרכי טהרה. אשכולות מידותיו על תלמידיו השרה, ברגבי ארצינו דבק בגבורה. אומה שלמה באהבתו קשורה, טוהר עיניו אלה אזכרה. הרי בתורה עלה בסערה, בחיי עולם נפשו תהיה צרורה. נלב"ע כ"ה סיוון תש"ע".