מערת התאומים הינה מערה קרסטית טבעית אשר נוצרה כתוצאה מהמסת סלעי הגיר ע"י מים, מה שגרם ליצירת זקיפים ונטיפים רבים במערה. המערה נמצאת כק"מ מסיום מסלול נחל מערה [אם מתחילים אותו מ"בר בהר"] .  בכניסה אליה ניצב עץ תאנה עבות ואליה מובילות מס' מדרגות תלולות. בתוך המערה המסלול, שארכו כ 100 מ', מסומן ע"י מעקה ומומלץ להחזיק בו למניעת החלקות. בסוף המסלול מגיעים לבריכה שנחצבה בידי אדם.

בשנת 2009 נתגלו ע"י ארכיאולוגים ממצאים ובהם עצמות אדם ומטבעות מימי מרד בר כוכבא המעידים כי המערה שימשה מסתור ללוחמים שנמלטו מימי הרומאים [ כדוגמת מקומות נוספים בהם נתקלו מערכות מסתור כגון חורבת מדרס וחורבת עיתרי ]

מערת התאומים סגורה בין החודשים נובמבר – סוף מרץ עקב שנת החורף של העטלפים.